El Centro Nacional de Energías Renovables se constituye como una fundación sin ánimo de lucro, que se denomina "Fundación CENER-CIEMAT", cuyo Patronato está formado por instituciones públicas, como: el Ministerio de Ciencia e Innovación, el Ministerio de Industria, Ciemat y el Gobierno de Navarra. En el caso de la Fundación CENER-CIEMAT el fin fundacional consiste en:
Las fundaciones son entidades destinadas a servir a un bien público y están obligadas a destinar toda su actividad y activos a la consecución de ese bien, el denominado "fin fundacional". Esto implica, entre otros, la reinversión obligada de los beneficios en la fundación y la imposibilidad de recuperar las donaciones realizadas por patronos u otros donantes. Las fundaciones ofrecen además grandes ventajas para las entidades que decidan contratarlas, o bien donarles dinero o activos. En el caso de una contratación, a la rebaja del impuesto de sociedades hay que añadir una rebaja porcentual añadida del 10%. En el caso de tratarse de una donación se puede decidir a qué se va dedicar y disfrutar de las mismas condiciones favorables que un proyecto de I+D contratado.
El edificio CENER recibió el Premio CONSTRUMAT 2005 de Edificación, durante un acto celebrado en Barcelona. El jurado, presidido por la conocida arquitecta Carmen Pinós, que estaba también formado por: Marçal Roig i Espígul y por Joan Gallostra i Isern, consideró otorgar el Premio a la sede del CENER "Por ser una brillante demostración de la viabilidad de integración de soluciones energéticas sostenibles en un edificio de gran calidad arquitectónica y constructiva, en el que se aprovechan al máximo las condiciones naturales del entorno para acondicionar los espacios interiores, y se encajan perfectamente los diferentes elementos tecnológicos innovadores, resultando un edificio armónico, funcional y muy representativo".