El Instituto de Astronomía y Física del Espacio (IAFE) fue creado por el Directorio del CONICET en su reunión del 29 de diciembre de 1969. Nace de una reestructuración del Centro Nacional de Radiación Cósmica (CNRC), fundado el 9 de abril de 1964 como uno de los primeros institutos del CONICET, cuyos antecedentes se remontan al Laboratorio de Radiación Cósmica de la Comisión Nacional de Energía Atómica (CNEA) en los años 50. El CNRC contaba con apoyo financiero de la CNEA y las instalaciones provistas por la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la UBA (FCEyN-UBA). El 18 de diciembre de 1970 el Directorio del CONICET resuelve que la entonces existente Comisión Nacional de Estudios Geoheliofísicos (CNEGH) contribuya a poner el IAFE " en inmediato funcionamiento ".

El 12 de abril de 1971 se celebró un convenio entre el Presidente del CONICET Dr. Bernardo Houssay, el Rector de la UBA Dr. Andrés Santas y el Presidente de la CNEGH Dr. Mariano Castex, para " asegurar el mejor funcionamiento del Instituto de Astronomía y Física del Espacio (IAFE), creado por el Consejo ". Desde el 4 de agosto de 2005, con el convenio firmado por el Presidente del CONICET Dr. Eduardo Charreau y el Rector de la UBA Dr. Guillermo Jaim Etcheverry, el IAFE es uno de los 19 institutos compartidos CONICET-UBA.

En la fundación del IAFE confluyen el personal del CNRC, miembros de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la UBA y un grupo de astrónomos de la Facultad de Ciencias Astronómicas y Geofísicas de la Universidad Nacional de La Plata entre los que se contaba el primer Director del Instituto Dr. Jorge Sahade.

El IAFE nace como un instituto dedicado a las ramas modernas de la astronomía, y a experimentar con radiación cósmica, gamma, X e infrarroja. Las primeras investigaciones se orientaban hacia la astrofísica observacional y la detección de emisiones fundamentalmente solares mediante detectores de estado sólido lanzados en globos estratosféricos, con desarrollo tecnológico propio.

En 1976 asumió la dirección el Lic. Horacio Ghielmetti (ex Director del CNRC), pionero en el país en el estudio de rayos cósmicos junto con el Dr. Juan Roederer, quien permanece en el cargo hasta su fallecimiento en 1995. Los sucesivos Directores del Instituto han sido: el Dr. Jorge Sahade (1971-1974), el Ing. Máximo Pupareli (a/c, 1974-1975), el Lic. Horacio Ghielmetti (1976-1995), la Dra. Marta Rovira (1995-2004) y el Dr. Rafael Ferraro (2005-).

A lo largo de 30 años de historia, el IAFE fue modificando su programática de acuerdo a la dinámica propia de la ciencia, que generaba nuevas áreas de exploración y el alejamiento de otras que resultaban obsoletas, sumado a las políticas científicas y presupuestarias del momento.