En 1980 se graduó en la escuela de diseño de Osaka y acto seguido entró a trabajar en uno de los estudios de animación más prestigiosos de japón, Mad House, como dibujante y animador. Al cabo de cuatro años dejo el estudio para convertirse en independiente. 
Se alió con Katsuhiro Otomo para trabajar en Akira, como co-director y encargado de los aspectos técnicos, uno de los aspectos en los que destaca la película. Tras Akira, Morimoto volvió a colaborar con Otomo en Robot Carnival , donde su corto, Franke's Gears, destaca más por su espectacularidad que por un guión elaborado o interesante.

Escena de "Rosa Magnetica" (1996)

Su posterior trabajo fue un producto totalmente alejado de sus obras anteriores, una película infantil titulada " Tobe! Kijura no piku" (La ballena blanca).
Morimoto volvió a colaborar con Otomo en la realización de Memories. Morimoto se encargó de la primera historia, para muchos la mejor de las tres y que da título a la cinta, " Memories, Kanojo no Omoide" (Los recuerdos de ella), con guión de Satoshi Kon. Su siguiente trabajo fue otro corto, titulado Extra, con un marcado aire cyberpunk que fue escogido como uno de los mejores videoclips por la MTV.

Escena de "Genius Party Beyond" (2008)

Después de Extra, Morimoto se embarcó en un proyecto diferente, " Eiyou Kazuku", unos cortos de apenas 50 minutos en los que se narraba las historias "cotidianas" de una familia de ficción.